この表現は多くの英語学習者がすでに知っているかもしれませんね。ネイティブ・スピーカーがよく使う表現で、映画やドラマを見ていると頻繁に耳にします。Nature calls me. と完全な文で言うこともあります。
直訳は「自然が（私を）呼んでいる」となりますが、この場合の「自然」とは私たちが生きる上で確実に起こること、ここでは「尿意」のことを指します。つまり、この文は「トイレに行く」という意味になります。そして、それを I want to go to the toilet/restroom/bathroom. と言うより婉曲的に表したのがこの表現になります。
A: Where are you going?
B: Nature calls.
また、Where is the toilet? と尋ねる代わりに使われることもあります。
A: Uh, excuse me. Nature calls me.
B: Well, It's over there, behind that wall.
A: Thank you.
ただ、この表現がフォーマルな部面で使えるのかは不明です。筆者がこれまでに耳にしたのは、たいていがカジュアルな場面で、使っていたのは男性でした。したがって、高級なレストランで食事中のときなどは避けた方がいいかもしれません（ALTや親しいネイティブ・スピーカーに聞いてみてください）。